В работе представлен краткий анализ текущей ситуации в области управления гиперспектральными изображениями в условиях научно-исследовательской деятельности малых научных коллективов. Приводится обзор современного состояния и перспектив развития программных средств, обладающих функциями управления гиперспектральными изображениями в России и за рубежом в контексте их применения в процессе разработки программных реализаций методик и алгоритмов обработки гиперспектральных изображений. Представлен разработанный в Московском государственном университете геодезии и картографии (МИИГАиК) программный комплекс (ПК) HyExplorer, предназначенный для управления гиперспектральными изображениями. ПК HyExplorer позволяет освободить пользователей от выполнения ряда рутинных операций при управлении гиперспектральными изображениями и результатами их обработки. Система HyExplorer прошла апробацию при разработке алгоритмов повышения качества гиперспектральных изображений, показав свою высокую эффективность на этапах сбора тестовых данных и выявления оптимальных параметров разрабатываемых алгоритмов.